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Synopsis

Le scénario fait référence à plusieurs médias dans l'univers de Star Trek, incorporant des éléments de l'intrigue des émissions de télévision Star Trek: Deep Space Nine et Star Trek: The Next Generation ainsi que le film Star Trek: Insurrection.

Après la guerre du Dominion, la Fédération se tourne vers la reconstruction. Cependant, un vaisseau de la Fédération, l'USS Premonition, apparaît soudainement du futur, sous l'attaque des Borgs. Le capitaine Jean-Luc Picard, commandant l'USS Enterprise-E, vient à son aide. Le capitaine de la Prémonition, Thaddeus Demming, avertit Picard d'une invasion Borg à venir. Picard repousse alors une attaque Borg initiale sur un avant-poste de la Fédération.

Ailleurs, le commandant Worf assiste à la défense de la planète natale des Ba'ku de la Son'a, après quoi il est informé de la découverte de l'Enterprise. Alors qu'il voyage à travers un secteur dangereux de l'espace sur son chemin de retour à Qo'nos, il est pris en embuscade par son vieil ennemi, Toral, qui prévoit d'utiliser une fausse épée de Kahless pour prendre le contrôle de l'Empire Klingon. Toral tend une embuscade au chancelier Martok à la suite d'une autre incursion Borg, et une autre guerre civile Klingonne s'ensuit. Après une bataille décisive sur le monde natal des Klingons, Toral est vaincu. Il se retire dans la Zone Neutre, révélant qu'il recevait l'aide de l'Empire Stellaire Romulien. Des hostilités s'ensuivent entre les Klingons et les Romuliens.

Les Romuliens, entre-temps, rencontrent une Particule Oméga stable, source de pouvoir presque illimité. La particule, découverte d'abord par une guilde minière Ferengi, est sur le point d'être vendue aux Cardassiens; le Tal Shiar envoie l'amiral Sela pour la sécuriser avant que cela ne se produise. Sela capture la particule Omega et, malgré quelques interférences Borg, la livre à une base romulienne fortifiée. Elle s'allie alors avec les Borgs promettant la particule après qu'ils aient détruit les forces restantes de Toral, mais elle les trahit et les attaque après que Toral soit vaincu.

Les Borgs, voulant à tout prix sécuriser la particule, assimilent une installation de clonage Dominion et l'utilisent pour cloner Locutus, l'ancien titre de Jean-Luc Picard quand il a été assimilé. Avec Locutus menant leur armada, les Borgs prennent la particule Omega des Romuliens et assimilent l'ambassadeur Spock, qui tente de servir de médiateur entre les Klingons et les Romuliens. Sans lui, les deux empires entrent en guerre et les Borgs peuvent entrer dans le système Sol. Locutus et son armada vainquent la flotte de la Fédération, tuent Worf et Demming, et assimilent la Terre. Cependant, Picard et l'Enterprise parviennent à s'échapper à travers un vortex temporel créé par la Prémonition.

Remontant dans le temps, l'Enterprise empêche l'assimilation de Spock. Picard et Spock sont capables de forger une alliance entre les Romuliens et les Klingons, et ensemble, les trois gouvernements repoussent l'invasion de la Terre. Les forces unifiées klingonnes, romuliennes et de la Fédération poussent les Borgs hors du Quadrant Alpha et capturent une Porte Transwarp qu'ils emmènent à Unimatrix One, au cœur du Collectif Borg. Là, ils découvrent que la particule Omega alimente la machine de guerre Borg. La force combinée détruit la particule Omega, mais Locutus remonte le temps avant de pouvoir être vaincu.

Retour dans le temps, Locutus, dans une sphère Borg, tente de tuer Picard à bord de l'USS Enterprise-D peu de temps après la mission Farpoint. Cependant, Locutus est contrecarré par l'USS Premonition qui, non affecté par les changements de la chronologie, poursuit Locutus dans le temps et détruit son navire. Quand Premonition retourne au "présent" et voit que tout est revenu à la normale, Demming envoie le navire et l'équipage vers un avenir meilleur. Le jeu se termine par une entrée finale de Picard, notant le départ de la Prémonition, ainsi que la désintégration potentielle de l'alliance Klingon-Romulan, bien que Picard note que «que la paix dure ou non, seul le temps le dira».

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